ฮิจิกาตะ โทชิโซ มีชื่อจริง (อิมินะ) ว่า "โยชิโตโยะ" เกิดเมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม ค.ศ. 1835 ที่หมู่บ้านอิชิดะ ตำบลทามะ แคว้นมูซาชิ (พื้นที่เมืองฮิโนะ จังหวัดโตเกียวในปัจจุบัน) มีพี่น้องร่วมบิดามารดาเดียวกัน 6 คน โดยเขาเป็นคนสุดท้อง พ่อของเขาเป็นชาวนาผู้ขยันขันแข็ง ซึ่งเสียชีวิตก่อนฮิจิกาตะเกิดได้เพียง 3 เดือน ต่อมาเมื่ออายุได้ 6 ปี แม่ของเขาเสียชีวิตลงอีกคนหนึ่ง ซ้ำร้ายพี่ชายคนโตก็เกิดตาบอด ฮิจิกาตะจึงต้องไปอยู่ในความอุปการะของพี่ชายคนรองและพี่สะใภ้

ในวัยเด็กนั้นฮิจิกาตะมีนิสัยไม่ดีนัก และถูกกล่าวขวัญว่าเป็นคนที่ให้ความสำคัญกับทุกอย่างยกเว้นกับเพื่อนและครอบครัวของตัวเอง นิสัยดังกล่าวของเขาได้เปลี่ยนแปลงไปเมื่อนักดาบอายุ 21 ปีคนหนึ่งจากแคว้นไอซุ ผู้เป็นที่รู้จักจากการต่อต้านกลุ่มนักปฏิรูป ได้ถูกบังคับให้ฆ่าตัวตายโดยการเซ็ปปูกุ (คว้านท้องตัวเอง) เมื่อฮิจิกาตะได้เข้าร่วมงานศพของชายผู้นั้น ปรากฏว่าเขาได้ร้องไห้ให้แก่ผู้ตายต่อหน้าคนอื่นด้วย

ฮิจิกาตะใช้ชีวิตในวัยเด็กอยู่ในร้านขายยาของครอบครัว ขณะเดียวกันก็ใช้เวลาว่างฝึกหัดเพลงดาบด้วยตัวเอง ต่อมาฮิจิกาตะได้พบกับคนโด อิซามิ ผู้สืบทอดเพลงดาบเท็นเน็นริชินรีวรุ่นที่ 4 แห่งโรงฝึกชิเอกัง โดยรู้จักผ่านทางซาโต ฮิโกโงโร พี่เขยของเขาซึ่งเป็นผู้จัดการโรงฝึกแห่งนี้ และได้เข้าเป็นศิษย์ในสำนักดาบชิเอกังเต็มตัวในปี ค.ศ. 1859 ถึงแม้ว่าฮิจิกาตะจะมิได้สำเร็จวิชาดาบเท็นเน็นริชินรีวอย่างสมบูรณ์ แต่กล่าวกันว่าวิชาดาบของที่นี่เป็นพื้นฐานหลักที่ฮิจิกาตะใช้พัฒนาวิชาดาบ "ชินเซ็งงูมิเก็นจุตสึ" ในเวลาต่อมา